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輔仁大學為直屬羅馬教廷教育部之天主教大學。1925年由美國本篤會於北京創辦，初期設大學預科名為「輔仁社」，1927年北洋政府准予試辦，並正式將校名改為輔仁大學。國民政府統一全國後於1929年呈請教育部正式立案。1952年因院系調整併入北京師範大學。現北京輔仁校址為北京定阜大街（北京師範大學輔仁校區）及北京輔仁校友會。民國四十八年中國主教團、聖言會及耶穌會共同參與復校計畫，民國四十九年教育部核准在台復校，民國五十年（西元1961年）哲學研究所招生，民國五十二年（西元1963年）設立三學院十系組大學部正式招生。
輔仁大學於民國十四年創校迄今八十餘年，自民國五十年在台復校近五十年，海內外校友共計逾十二萬人。
校史和現況
民國元年，中國天主教名人丹徒馬相伯、北平英歛之兩位先生，鑒於天主教在中國僅有兩所大學，乃上書羅馬教廷，請派才高德碩之士，來華增設公教大學，發揚中國文化，介紹世界知識，嗣因歐戰爆發，計劃遂告終止。
民國八年，教廷派遣代表來華，考察教會教育情形，其報告書中，亦以高等公教教育機關不足為言。次年美國本篤會神父奧圖爾（George
Barry O’Toole O.S.B）博士來華，調查教育，商於歛之先生，於興辦公教大學一事深相契合。奧氏旋赴羅馬晉謁教宗，並訪教廷傳信部長，臚陳理由，更晤本篤會總長斐德（
Rev. Fidelis von Stotzingen ）博士，請來襄助，以成此舉。碧岳十一世（Pope Pius XI） 當選教宗後，即諭本篤會速即進行，並親捐義幣十萬，以資倡導。
十二年八月七日，全美本篤會遵諭召開會議，並決定委託賓西凡尼亞州聖文森會院（St.Vincent Archabbey）司泰萊院長（Aurelius
Stehle ）全權辦理。
十四年，一月，司泰萊院長委發起人奧圖爾神父為校長，一月來華，於舊濤貝勒府開辦公教大學，先設大學預科（國學專科）一班，名「輔仁社」，並聘英歛之為社長，英斂之以勞瘁過度於十五年一月逝世，校務由陳垣先生主持。陳垣接任後，積極擴充設備，遵教育部規章，組織董事會，聘奧圖爾為校長，陳垣副之，十六年六月呈准試辦大學本科（文科—中文、歷史、哲學、英文），正式定名為輔仁大學。
十八年，六月，輔仁增設為三學院（文、理、教育）十一學系（中文、英文、歷史、社科、數學、物理、化學、生物、教育、心理、哲學）及美術專修科。改組董事會，呈准教育部立案，由陳垣先生出任校長。
十九年，濤貝勒府南院新校舍落成，計有實驗室、圖書館、教室、辦公室及宿舍等。乃以新校舍為大學部，原址改設附屬男子中學，另在西城太平倉購地築舍，二十一年開辦女子中學。是時規模已具，而主校政者，如校長陳垣、校務長兼理學院院長奧圖爾、教務長劉復、秘書長英千里、文學院院長沈兼士、教育學院院長張懷等，皆係學術界知名之士
。
二十二年，國際經濟恐慌，本校基金價格貶值，本篤會難以為繼。是年八月，教廷乃改派聖言會（Society of Divine Word）接辦，該會總長葛林德（Rt.
Rev. Joseph Grendel ）出任監督，穆爾菲博士（ Fr. X. Murphy ）為校務長，理學院院長由李嘉士博士（Stepuan
Richarz ）接任。嗣以劉復先生逝世，教務長一職，改聘胡魯士博士（Henry Kroes ）繼任。二十四年，接受教廷委託，開辦中國天主教司鐸進修機構，乃增購校區東側之恭王府舊址，計地百餘畝，成立「司鐸書院」。二十六年，增設預防斑疹傷寒血清及國文、歷史等研究所。
七七事變，北平陷日，本校因國際關係，仍能維持現狀，延續民族教育。
二十七年，增招文、教兩學院各系及理學院數學系數學組一年級女生，由聖神會修女管理。二十八年，加收理學院其他各系一年級女生，並創設家政學系，增建教室及學生宿舍。司鐸書院遷至恭王府北部之新建大樓，書院原址改為大學女生部。
三十年，美日關係惡化，美籍教職員陸續撤退，由德籍人士遞補。及太平洋戰起，除少數美籍教職員 拘入集中營外，校務進行如恒。三十一年，秘書長英千里、訓導長伏開鵬及輔大同仁多人，因抗日活動被捕下獄。次年四月以證據不足獲釋，三十三年，輔大員生復以抗敵「罪情重大」而被科刑達十五年者，計有英千里、張懷、董洗凡及英純良等十四人。
勝利後，中央鑒於本校抗戰期間之艱苦卓絕精神，除明令嘉獎外，教育部特准淪陷期間輔大學生之學籍，不必甄審，即予承認。三十五年秋，增設農學院。三十八年北平淪共，校務長芮歌尼（Harold
Rigney）司鐸被捕，三十九年中共教育部正式接辦，四十一年輔仁大學經院系調整併入為北京師範大學之一部，學校宣告關閉。
綜觀北平輔仁大學，自民國十四年之輔仁社起，至三十八年一月北平淪陷止，學系由預科擴至四院，學生由輔仁社之二十四人擴至三十八年初之三千餘人。當時執教之士，如前述諸學人外，尚有余嘉錫、沈兼士、孫人和、張星烺、雷冕、嚴池、卜樂天、薩本鐵、張漢民、張重一、趙錫禹等知名學者。所出刊物如輔仁學誌、華裔學誌等，均馳名於國際學術界。全校師生，於國難期間亦能忠貞不屈，大義凜然，實中國教育之光榮。
四十五年，七月，輔大在台校友會正式成立，上書教廷呼籲母校在台復校。四十八年六月廿一日，教宗若望廿三世應各方之請求，商洽中國主教團（後改名中國聖職單位）、聖言會及耶穌會（Society
of Jesus）合作，並任命于斌總主教負責復校籌備事宜，是年十一月三日復任命于氏為校長，並慨捐美金十萬元以為倡導，後有美國波士頓谷欣樞機主教（Richard
Cardinal Cushing）籌滿一百萬美元，使輔仁復校有了初步經費。
四十九年，四月初，于斌校長返國成立校董會，推田耕莘樞機主教為董事長，正式向教育部申請復校。廿五日教育部核准復校。五十年一月購買台北市吉林路37、39號樓房為籌備處。
五十年，九月，呈准教育部先行成立文學院哲學研究所，招考第一屆研究生。同年廿日哲學研究所於吉林路開學。
五十一年夏招考哲學研究所第二屆研究生。
五十二年，二月，購妥台北縣新莊鎮營盤里卅餘甲地為大學校址。三月興建文學院、外語學院、法學院、家政大樓及理學院男生宿舍五棟大樓，同於秋季落成。
五十二年，六月，教育部核准增設法、理兩學院。哲學研究所第一屆研究生畢業，獲碩士學位者七人。秋，參加大專聯合招生，由聯招會分發本校新生共五百一十八名，十月二十一日在新莊校舍正式上課。時文學院設中國文學、歷史、哲學、外語（分設英文、德文兩組）四學系，法學院設法律、經濟、工商管理三學系，理學院設數學、家政營養二學系。
五十三年，春，文學院及法學院之男生宿舍（忠孝學苑）落成。夏，哲學研究所第二屆研究生畢業，獲碩士學位者二人。秋，增設物理、化學、生物、西班牙文、法文五系組，共錄取新生六百四十五名。
五十四年，春，理學院大樓及女生宿舍落成。夏，哲學研究所第三屆畢業，獲碩士學位者五人。秋，家政營養學系分設家政及營養兩組。法學院工商管理學系改名為企業管理學系。
五十五年，法學院辦公大樓及社會科學圖書館、法學院男生第二宿舍（仁愛學苑）、理學院辦公大樓、綜合教室及女生第二宿舍落成。夏，哲學研究所第四屆畢業，獲碩士學位者二人。
五十六年，六月，教育部核准增設中國文學及歷史兩研究所。法學院企業管理學系分設生產管理、市場管理及財務經理三組。是月二十九日，假台北市中山堂舉行大學本科第一屆，哲學研究所第五屆畢業典禮，計本科畢業生四百二十九人，研究生獲頒碩士學位者四人；蔣夫人宋美齡女士於典禮中接受出任本校名譽董事長，並即席向畢業諸生致訓；美國匹茨堡城瑞德主教，特由美國前來發表專題演講。
五十六年，七月二十四日田董事長耕莘樞機主教逝世。聯招會分發本校新生七五五名。九月，中文研究所招收一年級研究生二十一名，歷史研究所十三名，哲學研究所十八名。十二月八日校慶紀念日，耶穌會自菲律賓遷台之徐匯神學院附設於本校。
五十六年底，教育部核准本校文學院外國語文學系之英文、德文、法文、西班牙文四組升格為四獨立學系。十二月十九日董事會改選，召開第二屆董事會，聘蔣夫人宋美齡女士為董事，並一致公推蔣夫人為董事長。
五十八年，四月，校長于斌總主教，赴羅馬接受晉升樞機加冠禮。秋，奉准設立商學院、增加會計統計學系、法學院增設社會學系、文學院哲學研究所增設博士班及西洋語文研究所、東方語文學系、體育學系；並設置夜間部，包括中國文學、英國語文、企業管理三學系。建築方面，文學院之人文科學圖書館及理學院之餐廳均於本年落成。
五十九年，六月二十三日舉行第四屆畢業典禮。圓形體育館落成，承 蔣故總統題額「中美堂」，並由董事長蔣夫人主持剪彩啟用，即席為畢業諸生致訓。
五十九年，秋，文學院增設圖書館學系，理學院增設織品服裝學系。夜間部增設圖書館學系、會計統計學系。建築方面，商學院大樓第一期工程竣工、理學院之第三層全部擴建完畢。
六十年，文學院增設大眾傳播學系；家政營養學系改為家政系及食品營養學系；夜間部增設歷史學系、法律學系及數學系。
六十一年，文學院增設教育心理系，西洋語文學研究所正名為語言學研究所，經濟學系改隸法學院；夜間部增設大眾傳播學系、經濟學系、會計統計學系統計組。文學院文友樓落成。
六十二年，理學院增設數學研究所，數學系分為純數學及應用數學兩組；商學院增設國際貿易學系；成立各輔系。商學院大廈全部竣工，女生第三宿舍落成。
六十三年，增設德國語文學研究所、物理學研究所，法學院法律學系分設法學、司法兩組。
六十四年，增設英國語文學研究所；夜間部增設國際貿易學系。游泳池與學生活動中心落成。
六十五年，秋，法學院餐館增建二樓及仁園西餐部，並有專用餐廳為教職員服務。
六十六年，理學院增設電子工程學系、社會學系分設社會學及社會工作兩組。並建築精神活動中心（淨心堂）。
六十七年，六月，于斌樞機辭職，教廷委以輔大總監督，校長由羅光總主教接任。八月，于總監督於出席教宗選舉會時逝世羅馬，旋歸葬本校。文學院研究大樓落成。
六十八年，法學院法律系增設財經法學組。十二月八日慶祝本校成立五十週年紀念，特以榮譽法學博士授予美國參議員高華德，以感謝其對我國之道義支援，行政院長孫運璿特蒞致詞。本校召開國際哲學會議，到有十國哲學著名學者五十二人之多。
六十九年，教育部核准外語各系正式成立外語學院，理學院增設化學研究所，法學院增設法律研究所。法學院研究大樓及擴建之圖書分館落成。
七十一年，教育部核准增設西班牙語文學研究所，理學院改名為理工學院，商學院改名為管理學院。
七十二年，奉准增設音樂學系、大眾傳播學研究所及食品營養研究所。
七十三年，奉教育部核准增設法國語文學研究所、應用美術學系，並准成立藝術學院，大眾傳播學系奉准分設語言文字傳播組、影像傳播組、廣告公共關係組，日夜間部東方語文學系更名為日本語文學系。同年與美國愛荷華大學、西東大學、及美國天主教大學分別締結姊妹校。
七十四年，三月，學生活動中心大樓（焯炤館）及信義、和平宿舍分別落成啟用。管理學研究所奉准增設。同年六月、十月及十二月分別與美國斯克蘭頓大學、韓國曉星女子大學及美國聖文森大學締結姊妹校。
七十五年，秋，法管學院綜合教室大樓（利瑪竇樓）落成。大眾傳播學系分組名稱改為新聞、廣播電視、廣告組。十一月，舉辦「第一屆國際文學與宗教研討會」。
七十六年，二月，藝術學院大樓落成；舉辦「第一屆亞洲學生文學研討會」。四月，舉辦全國「第一屆弦樂教育研討會」；與菲律賓聖多瑪斯大學締結姊妹校。十二月，舉辦「南懷仁逝世三百週年國際學術討論會」。秋，成立校史館、中華天主教文物館、于故樞機文物館。
七十七年，二月，中華民國「福傳大會」假本校召開 ；成立學術交流室。八月，前校長于故樞機主教逝世十週年，除假台北市中央圖書館舉行盛大紀念會外，並在校區舉辦「國際聖母學研討會」以為紀念。秋，宗教學研究所碩士班、翻譯學研究所碩士班、應用心理學研究所碩士班、資訊工程學系，均經奉准招生；家政學系亦奉准改名為「生活應用科學系」。十月，奉准七十八學年度增設景觀設計學系；是月七日，夜間部女生宿舍落成。十一月，與韓國慶熙大學締結姊妹校。
七十八年，四月，頒贈波蘭馬佳斯基樞機主教榮譽法學博士學位。七月，成立中西文化研究中心。九月，教育部核准於七十九學年度增設織品服裝研究所碩士班、金融研究所碩士班，另奉准設立醫學院及所屬公共衛生、護理二學系。十一月頒贈廣州鄧以明總主教及上海龔品梅主教榮譽博士學位。十二月八日慶祝本校成立六十週年紀念，行政院長李煥蒞校致詞。另，舉辦宗教教育與中國社會發展研討會，暨中華文化與現代生活國際學術研討會。
七十九年，二月，成立行政電腦中心。五月，聖光社會服務社成立。十月，教育部核准八十學年度增設法律研究所博士班、化學研究所博士班。是月，醫學院教學大樓興建工程開工。同年十一月，教育部核准八十學年度增設中國文學研究所博士班。
八十年，三月，教育發展資金室成立。七月，主辦八十學年度大學入學招生考試。八月，行政電腦中心改為資訊中心。九月，文德女生宿舍奠基興建。十月，織品服裝系所新大樓（朝?樓）落成啟用；與聖文森大學締結姊妹校續約。又，舉辦國家建設與儒家精神學術研討會。十一月，教育部核准八十一學年度增設宗教學系、經濟研究所碩士班、生活應用科學系增班。夜間部教學大樓開始興建。十二月，頒贈姚宗鑑副主教、日本作家遠藤周作先生榮譽博士學位。行政院長郝柏村院長蒞校參觀。
八十一年，一月，教育部核准夜間部增設哲學系。二月，羅光總主教辭校長職，教廷特頒榮譽校長銜，校長由李振英蒙席接掌；台北教區狄剛總主教任輔大督導。五月，董事長蔣宋美齡夫人請辭，董事會敦請擔任榮譽董事長，並聘單國璽主教為第十一屆董事長。八月，圖書館學系奉准更名為圖書資訊學系。十月，舉辦全校福傳牧靈大會、「紀念湯若望四百週年誕辰暨天主教傳華史學國際學術研討會議」。十二月八日，醫學院大樓落成啟用。
八十二年，三月，奉准於八十二學年度增設心理復健學系、日本語文學研究所、護理學系及電子工程學系增班。外語大樓增建五樓。四月十七日，董事會決議，增設三位副校長職。五月，頒贈林榮三國策顧問榮譽法學博士學位。六月，頒贈艾奎諾夫人柯拉蓉榮譽法學博士學位。文德女生宿舍落成啟用。八月，狄剛總主教接掌第十二屆董事長職。九月，中國社會文化研究中心成立。十月，頒贈奧會主席薩瑪蘭奇榮譽哲學博士學位。十一月，法律學系財經法學組奉准於八十三學年度獨立為「財經法律學系」。
八十三年，一月，頒贈美國聖約翰大學校長海瑞登神父榮譽哲學博士學位；三月，奉部核准八十三學年度設立比較文學研究所博士班、圖書資訊學研究所碩士班；織品服裝學系分設織品設計組、服裝設計組、織品服飾行銷組；另織品服裝學系、食品營養學系、生活應用科學系成立「民生學院」。與美國加州大學戴維斯分校締結姊妹學校。四月十三日，夜間部教學大樓落成啟用典禮；六月，與北京經貿大學締約。七月，頒贈一九八九年西班牙諾貝爾文學獎得主卡米荷西瑟拉文學博士學位。九月，舉辦「孟高維諾主教來華七百週年國際學術研討會議」及「國際家庭年學術會議－現代社會中家庭的平衡與發展」。
八十四年，一月，教育部核准增設應用統計研究所碩士班、大眾傳播學系廣播電視組獨立為影像傳播學系。二月，頒贈美國紐華克教區總主教麥嘉黎榮譽法學博士學位。三月，法管學院圖書館擴建。四月，教育部核准八十四年度成立食品營養學系研究所博士班。五月，理工學院教學大樓奠基興建典禮。六月，頒贈韓國金壽煥樞機主教榮譽哲學博士學位。八月，承辦八十四學年度夜間部大學入學招生考試。九月，增設「大學入門」課程為必修科目。十一月，頒贈尼加拉瓜樞機主教歐邦多布拉弗榮譽法學博士學位。十二月，奉准八十五學年度成立義大利語文學系。
八十五年，一月，教育部核准增設資訊工程研究所碩士班及音樂研究所碩士班。二月，李振英校長任期屆滿，經校長遴選委員會票選推薦，董事會選聘，由法學院院長楊敦和教授繼任，為本校在台復校第四任校長。四月，教育部核准進行籌設大眾傳播學系新聞組、廣告組獨立設新聞傳播學系、廣告傳播學系，及資訊管理學系增設碩士班。與德國馬堡大學締結姊妺校。七月，教育部核准成立二年制護理學系、織品服裝技術系並分設「製衣經營管理組」、「飾品設計組」；頒贈宏都拉斯共和國總統雷依納榮譽法學博士學位。九月，與中國人民大學及美國史屈大學締結姊妺校。十一月，國際貿易學系奉准更名「國際貿易與金融學系」。十二月，頒贈石好德樞機榮譽博士；與日本伊利沙白大學締結姊妺校；舉辦「慶祝我國建立聖統制及田公耕莘晉陞樞機五十週年並紀念六位國籍主教祝聖七十週年第一梯次國際學術研討會議」。
八十六年，一月，頒贈普世博愛運動創始人盧嘉勒女士神學榮譽博士學位。二月，與韓國天主教大邱曉星大學、美國休士頓大學及加拿大聖湯瑪斯大學締結姊妹校。三月，西藏精神領袖達賴喇嘛蒞校演講；與南京師範大學締結姊妹校。五月，舉辦「慶祝我國建立聖統制及田公耕莘晉陞樞機五十週年並紀念六位國籍主教祝聖七十週年第二梯次國際學術研討會議」。六月，理工外語教學新大樓（聖言樓）落成；夜間部教學大樓B樓竣工。七月，與西班牙馬德里大學及日本桃山學院大學締結姊妹校。八月，織品服裝技術系增設二年制飾品設計組；大眾傳播學系新聞組、廣告組改制為系，增設資訊管理學系研究所碩士班；夜間部轉型為進修部。十月，與美國德州聖道大學締結姊妹校。十二月，與日本費利斯女子大學及桃山學院大學締結姊妹校。
八十七年，四月，與法國康城哈佛高級商業大學締結姊妹校。五月，與英國伯明罕大學及日本上智大學締結姊妹校；頒授單國璽樞機主教及法國前總理麥斯邁先生榮譽哲學博士學位。六月，與美國匹茲堡大學締結姊妹校、日本山梨大學及清心女子大學締結姊妹校。七月，承辦八十七學年度北區大學博覽會；與西班牙阿里坎特大學及義大利西也那大學締結姊妹校。八月，生活應用科學系分設「餐飲管理組」、「兒童與家庭組」；國際貿易學系更名為「國際貿易與金融學系」；成立研發室、秘書處；URICA圖書館自動化系統啟用，整合本校各圖書館館藏資源。九月，法管學院綜合圖書館大樓（濟時樓）落成啟用。十月，中國聖職單位行政大樓（冠五樓）及文學院新教學大樓（文開樓）落成。十一月，二年制織品服裝技術系飾品設計組獲教育部通過調整系名為二年制流行設計經營系；與日本流通經濟大學及加拿大維多利亞大學締結姊妹校。十二月，與法國波爾多管理學院締結姊妹校。
八十八年，一月，與比利時天主教魯汶大學締結姊妹校；原二技護理學系獲教育部同意更名為「二年制護理學系」。二月，獲教育部同意新增應用心理學系博士班及體育學系碩士班。三月，與日本梅光女學院大學締結姊妹校；聖言國際會議展演中心落成。六月，校務會議決議「共同必修課程」改為「全人教育」課程；頒贈教廷教育部秘書長畢道總主教榮譽法學博士學位。七月，辦理八十八學年度大學入學聯合招生暨北區大學進修學士班聯合招生試務；承辦八十八學年度大學入學聯合招生考試台北第五考區事務工作。八月，單國璽樞機主教接掌第十四屆董事長職；秘書處恢復原制為秘書室；二年制流行設計經營系新增招收零售經營組。十月，與澳洲拉特博大學締結姊妹校；頒贈美國本篤會聖文森修院總院長諾衛基神父榮譽哲學博士學位。十一月，頒贈聯合報、民生報、歐洲日報發行人王效蘭女士榮譽文學博士學位。十二月，與美國俄亥俄州大學締結姊妹校；與「Association
of Christian University and Colleges in Asia （ACUCA）合辦二十一世紀基督宗教教育研討會」；慶祝本校創校七十週年校慶。
八十九年，一月，與日本京都產業大學（Kyoto Sangyo University, Japan）締結姊妹校；頒贈教廷一心委員會主席高路德總主教榮譽文學博士學位。二月，楊敦和校長任期屆滿，經校長遴選委員會票選推薦，董事會選聘，由民生學院院長李寧遠教授繼任，為本校在台復校第五任校長；全人教育課程中心成立。三月，與菲律賓德拉沙大學（De
La Salle University-Dasmarias, Philippines）締結姊妹校。四月，頒贈前校長羅光總主教榮譽文學博士學位。六月，與日本東洋大學（Toyo
University, Japan）締結姊妹校。八月，新增設教育領導與發展研究所碩士班、財經法律學系碩士班，應用統計研究所碩士在職專班、資訊管理學系碩士在職專班、食品營養學系碩士在職專班及織品服裝學系碩士專班（分設織品服飾設計與文化研究組及織品服飾經營與消費研究組）；醫學系、資訊工程學系增班；應用心理系更名為心理系，並由文學院改隸至理工學院；成立研究發展處，納編學術交流室改名學術合作組及中西文化研究中心改名學術研究組；與西班牙馬德里大學（Universidad
Complutense de Madrid, Spain）、法國巴黎第四大學（University of De Paris-Sorbonne,Paris
IV, France）分別締結姊妹校。九月，與大陸上海外國語大學（Shanghai International Studies
University）、大陸北京外國語大學（Beijing Foreign Studies University）、大陸北京師範大學（Beijing
Normal University）分別締結姊妹校。十一月，與宏都拉斯天主教大學（Catholic University in
Honduras）、美國聖道大學（University of the Incarnate Word,Texas, U.S.A.）、英國諾丁罕傳德大學（The
Nottingham Trent University, U.K.）、美國聖路易斯大學（St.Louis University,
U.S.A.）分別締結姊妹校。十二月，與韓國忠南大學（Chungnam National University, Korea）締結姊妹校。
九十年，一月，與美國天主教大學（The Catholic University of America, U.S.A.）締結姊妹校。三月，與美國夏威夷州立大學希羅分校（University
of Hawaii at Hilo, U.S.A.）締結姊妹校；頒贈前中華奧林匹克委員會主席暨富都大飯店徐亨董事長名譽文學博士學位。四月，于斌樞機百歲誕辰系列活動；與韓國釜山天主教大學（Catholic
University of Pusan, Korea）、大陸昆明理工大學（Kunming University of Science
and Technology）分別締結姊妹校。五月，與英國歐斯特大學（University of Ulster, U.K.）、菲律賓聖多瑪斯大學（University
of Santo Tomas, Philippines）、日本福岡大學（Fukuoka University, Japan）、法國天主教高等研究學院（Institut
Cathollique d’Etudes Superrieures, France）締結姊妹校。七月，與澳門高等校際學校（Instituto
Inter-Univeersitario de Macau）締結姊妹校。八月，新增生活應用科學碩士班、護理學系碩士班，法律學系碩士在職專班、電子工程學系碩士在職專班、管理學研究碩士在職專班、金融研究所碩士在職專班，原生物學系更名為生命科學系、原統計學系更名為統計資訊學系；與日本國立佐賀大學（Saga
University, Japan）、香港浸會大學（Hong Kong Baptist University）分別締結姊妹校。九月，與大陸華南理工大學（South
China University of Technology）締結姊妹校；頒贈宗座醫療牧靈諮議會主席巴拉剛總主教名譽神學博士學位。十月，與大陸中山大學（Zhongshan
University）締結姊妹校；頒贈1982年諾貝爾醫學獎得主萬勞伯爵士名譽理學博士學位；頒贈紐約醫學院藥理系馬基福教授名譽理學博士學位。十一月，與瓜地馬拉藍狄華大學（Universidad
Rafael Landivar, Guatemala）、大陸北京大學（Peking University）、西班牙莎拉曼卡大學（The
University of Salamanca, Spain）分別締結姊妹校；頒贈宏都拉斯羅德勵樞機主教名譽神學博士學位。十二月，在台復校四十週年系列活動；發行「于斌誕生百年紀念郵票」；於「校史論壇」完成兩岸校友確認「輔仁創辦於一九二五年」之宣示，始於校徽下加上「since
1925」。
九十一年，一月，與英國瑟塞克斯大學（University of Sussex, UK）締結姊妹校；與馬來西亞韓新傳播學院（Hanxing
Academy of Journalism ＆ Communication）簽訂雙聯學制合作協議。二月，與大陸武漢大學、澳洲天主教大學（Australian
Catholic University）分別締結姊妹校。四月，頒贈韓國外國語大學韓弘淳教授名譽法學博士學位。五月，頒贈本篤會孟樹人神父名譽文學博士學位。六月，與馬來西亞韓江學院（Kolej
Han Chiang College）簽訂雙聯學制合作協議。八月，新增商學研究所博士班、應用科學與工程研究所博士班、景觀設計學系碩士班、博物館學研究所碩士班、應用美術學系碩士班及會計學系碩士班，教育領導與發展研究所碩士在職專班、體育學系碩士在職專班、宗教學系碩士在職專班、音樂學系碩士在職專班、翻譯學研究所碩士在職專班，進修部國際貿易與金融學系進修學士班增班、物理學系分組增班（分為物理組及光電物理組）、生活應用科學系之兒童與家庭組及餐飲管理組（含碩士班）分組獨立為兒童與家庭學系（含碩士班）及餐旅管理學系（含碩士班）二學系；與澳洲聖母大學（University
of Notre Dame, Australia）締結姊妹校。十月，與巴西利亞天主教大學（Universidade Catolica
De Brasilia, Brazil）、澳門理工學院（Instituto Politecnico de Macau）、澳門大學（University
of Macau）締結姊妹校；頒贈哥斯大黎加共和國白契科總統名譽法學博士學位。十一月，與比利時法語達文西高等學校（Haute Ecole
Leonard de Vinci）、美國知識系統學院（Knowledge Systems Institute）及北京廣播學院（Beijing
Broadcasting Institute）締結姊妹校。十二月，與加拿大宗座中世紀研究院（The Pontifical Institute
of Medieval Studies）締結姊妹校。
九十二年，一月，與上海體育學院、上海財經大學分別締結姊妹校。二月，頒贈教廷教育部部長高澤農樞機主教名譽法學博士學位；與上海復旦大學締結姊妹校。三月，頒贈雕塑大師朱銘先生名譽藝術博士學位；與韓國祥明大學（Sangmyung
University, Korea）、美國底特律默西大學（University of Detroit Mercy, U.S.A.）分別締結姊妹校。七月，頒贈再興中學校長朱秀榮先生名譽哲學博士學位。八月，新增音樂學系博士班、宗教學系博士班、公共衛生學系碩士班、心理復健學系碩士班、資訊工程學系碩士在職專班、心理學系碩士在職專班、兒童與家庭學系碩士在職專班、管理學程碩士在職專班及會計學系碩士在職專班；體育學系分組（體育學組、運動競技組及運動健康管理組），生命科學系增為兩班；原法學院法律學系所暨財經法律學系所成立法律學院，其餘各系（社會學系、社會工作學系所、經濟學系所、宗教學系所）成立社會科學學院。
九月，頒贈義大利國會眾議院外交委員會主席賽爾瓦議員名譽法學博士學位；與美國夏威夷大學麻諾亞分校（University of Hawaii
at Manoa, U.S.A.）締結姐妹校。十一月，頒贈美國勞工部部長趙小蘭女士名譽法學博士學位。十二月，頒贈東森媒體集團總裁王令麟先生名譽商學博士學位；與法國艾克斯─馬賽法律經濟科學大學（L'universite
de droit, D'economie et des sciences D'aix-marseille, France）及日本藤女子大學（Fuji
Women’s University, Japan）締結姐妹校。 九十三年，一月，教廷督導狄剛總主教榮退，由鄭再發總主教繼任。二月，李寧遠校長任期屆滿，經校長遴選委員會票選推薦，董事會選聘，由文學院黎建球教授繼任，為本校在台復校第六任校長；頒贈歐洲聯盟執委會文教執委蕾汀女士名譽文學博士學位。三月，頒贈前駐教廷大使戴瑞明先生名譽法學博士學位。四月，與義大利佩魯賈外國人大學（Universita
per Stranieri di Perugia, Italy）締結姐妹校。八月，新增職能治療學系學士班、社會學系碩士班、管理學院國際創業與經營管理學程碩士在職專班及護理學系夜間二年制在職專班；心理復健學系更名為「臨床心理學系」；心理學系碩士在職專班停招。
九十三年，一月，教廷督導狄剛總主教榮退，由鄭再發總主教繼任。二月，李寧遠校長任期屆滿，經校長遴選委員會票選推薦，董事會選聘，由文學院黎建球教授繼任，為本校在台復校第六任校長；頒贈歐洲聯盟執委會文教執委蕾汀女士名譽文學博士學位。三月，頒贈前駐教廷大使戴瑞明先生名譽法學博士學位。四月，與義大利佩魯賈外國人大學（Universita
per Stranieri di Perugia, Italy）締結姐妹校。八月，新增職能治療學系學士班、社會學系碩士班、管理學院國際創業與經營管理學程碩士在職專班及護理學系夜間二年制在職專班；心理復健學系更名為「臨床心理學系」；心理學系碩士在職專班停招。十月，與法國巴黎第三大學（Universite
Paris III SorbonneNouvelle, France））締結姐妹校。
九十四年，年一月，與奧地利維也納大學（University of Vienna, Austria））締結姐妹校；頒贈駐歐盟代表程建人先生名譽法學博士學位。三月，頒贈本校理工學院第二任院長聖言會郝思漢神父（Prof.
Dr. Heinz Hesselfeld SVD）名譽理工學博士學位及頒贈本校外語學院首任院長聖言會孫志文神父（Prof. Arnold
Sprenger, Ph.D.）名譽文學博士學位。八月，新增：學士後法律學系學士班、基礎醫學研究所碩士班及哲學系碩士在職專班；音樂學系博士班分音樂學組及演奏組二組；德國語文學系所更名為「德語語文學系所」；護理學系二年制技術系及進修學士班學士後法學士班停招。九月，與香港珠海學院、美國德州大學休士頓健康科學中心（The
University of Texas Health Science Center At Houston）及美國加州聖地亞哥州立大學（San
Diego State University）締結姐妹校。十一月，與智利天主教大學（Pontificia Universidad
Catolica de Chile）及波蘭亞當密坎凱維奇大學（Adam Mickiewicz University）締結姐妹校。十二月，輔仁大學創校八十週年；頒贈中國科學院心理所副所長荊其誠教授名譽理學博士學位及頒贈北京師範大學心理學院張厚粲教授名譽理學博士學位。
九十五，四月，巴拿馬大學（La Universidad de Panama）及巴拿馬拉丁大學（Universidad Latina
de Panama）締結姐妹校。六月，與西班牙Universitat Ramon Lluli締結姐妹校。八月，新增大眾傳播學系碩士在職班、食品科學系碩士在職班、餐旅管理學系碩士在職班及營養科學系碩士在職班，食品科學系學士班、營養科學系學士班及餐旅管理學系進修學士班，及經營管理碩士學程；原食品營養學系食品科學組獨立設「食品科學系碩士班」，食品營養學系營養組獨立設「營養科學系碩士班」；食品營養學系所博士班更名為「食品營養學研究所博士班」；流行設計經營學系二年制技術系、食品營養學系博士班、食品營養學系碩士班、食品營養學系碩士在職班及食品營養學系學士班停招。與美國紐約州立大學石溪分校締結姐妹校。十月，與美國A&M
International 德州農工大學締結姐妹校。十一月，美國德州科技大學締結姐妹校。十二月，醫學院綜合大樓落成；頒贈佛光山創辦人星雲法師名譽法學博士學位。
九十六年，一月，頒贈教廷宗座正義與和平委員會主席馬丁諾樞機主教名譽哲學博士學位。三月，與美國聖瑪莉大學及美國加州柏克萊大學締結姐妹校。五月，頒贈法國中央銀行康德緒榮譽總裁名譽商學博士學位。六月，與義大利佩魯賈外國人大學締結姐妹校。八月，新增電機工程學系學士班；食品科學系進修碩士班及營養科學系進修碩士班暫緩招生。
本校自奉准復校迄九十六學年度，計有九個學院、大學部四十七個學系、四十六個碩士班、廿二個碩士在職專班、十一個博士班、進修部十五個學系暨一個二年制在職專班；全校在校學生逾二萬六千人，畢業校友已逾十二萬餘人。
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